Vid sidan av den grundläggande uppgiften att vårda anläggningarna och samlingarna, bedrivs en aktiv utställningsverksamhet som speglar prins Eugens intressen inom konstområdet. De fyra huvudinriktningarna för utställningsverksamheten utgörs av konst från sekelskiftet 1900 samt 1900-talets första hälft, samtida konst samt konsthantverk och design.
| UTSTÄLLNINGAR | Utställningsperiod 1990 - 1996 | |
| J. A. G. Acke | 1991-03-22 till 1991-05-26 | |
| Edna Martin | 1991-04-19 till 1991-06-09 | |
|
Félix Vallotton. Schweizisk målare och grafiker från sekelskiftet | 1991-06-21 till 1991-09-01 | |
| Den vita båten. Skärgårdsbåten i konsten | 1991-06-05 till 1991-09-01 | |
| Skapande
patienter. Bilder ur Karolinska Institutets psykiatriska samling | 1991-09-13 till 1991-10-27 | |
| Erik Höglund. Glas 1988-199 | 1991-10-04 till 1992-01-12 | |
| Henrik Allert. Skulptur 1988-1991 | 1991-10-04 till 1992-01-19 | |
 | Ernst Josephson: Målare, romantiker, symbolist | 1991-11-14 till 1992-03-01 |
| Två villor på Capri - teckningar och fotografier | 1992-03-12 till 1992-05-03 | |
| Tor Hörlin: Måleri. Kerstin Hörlin-Holmqvist | 1992-03-12 till 1992-05-24 | |
| Waldemarsudde.
Ur Prins Eugens samling samt fem unga samtida. (Prins Eugen, Ann Edholm, Mausel Eksell Strindberg, Felix Gmelin, Annette Senneby, Anders Widoff) | 1992-05-23 till 1992-08-30 | |
| Kejsarens nya kläder - Kläder som konst | 1992-09-17 till 1992-10-25 | |
| Samtida grekisk konst från Pierides samlingar i Aten | 1992-11-06 till 1992-12-06 | |
| Carl Fredrik Hill 1876 | 1992-12-18 till 1993-02-28 | |
| Konsthögskolans sistaårselever - måleri och skulptur | 1993-04-02 till 1993-04-25 | |
| Bror Ingemar Fröberg - Måleri | 1993-03-12 till 1993-04-25 | |
| Karl Nordström - Måleri och teckningar | 1993-05-07 till 1993-06-20 | |
| Kiruna - Staden som konstverk | 1993-06-29 till 1993-08-29 | |
 | Elisabet Hasselberg-Olsson - Bildvävnader | 1993-09-10 till 1993-12-05 |
 | Arnold Böcklin. | 1993-09-29 till 1994-01-09 |
| Författare som konstnärer | 1993-10-22 till 1994-02-06 | |
| Antoni Tàpies | 1994-02-03 till 1994-04-04 | |
| 48 händer - 24 konsthantverkare | 1994-04-28 till 1994-06-19 | |
| IX-gruppen - Nio svenska grafiker | 1994-04-14 till 1994-06-19 | |
| Sigurd Persson. Silver, glas, formgivning | 1994-08-25 till 1994-10-02 | |
 | Anders Zorn | 1994-09-15 till 1994-12-11 |
| Den otroliga verkligheten - 13 kvinnliga pionjärer | 1994-10-13 till 1995-01-08 | |
| Varp och väft. Textilkonstnärerna och hemslöjden | 1994-12-26 till 1995-03-05 | |
| Zoia: en saga i guld | 1995-01-13 till 1995-03-12 | |
|
Måleriet i fokus. Maj Arnell och 5 unga (Ebba Hammarskiöld, Anna Hofman-Bang, Lars Cederholm, Anders Adelgren, Hans Wilhelmsson | 1995-03-18 till 1995-04-23 | |
| Blomsterfestival - Blomstermålningar från Belgien | 1995-06-08 till 1995-07-16 | |
| Lennart Rodhe som textilare | 1995-05-05 till 1995-09-17 | |
| Einar Kihlman. Måleri | 1995-10-07 till 1995-12-10 | |
| Gunilla Palmstierna-Weiss. Scenografi - Fragment av helheter | 1995-09-16 till 1995-12-17 | |
| Bo Beskow. Retrospektivt | 1996-01-13 till 1996-03-17 | |
| Gustav
och Ulla Kraitz. Keramisk skulptur och collagemålningar | 1996-03-28 till 1996-06-02 | |
| Gustave Albert. Måleri | 1996-06-13 till 1996-08-18 | |
| Birgit Broms. Måleri | 1996-08-31 till 1996-10-20 | |
| Samtida konstnärer ser på Liljefors | 1996-10-24 till 1997-01-06 | |
 | Bruno Liljefors. Naturen som livsrum | 1996-09-20 till 1997-01-06 |
 |  | |
|